ד”ר עופר חקרה את נושאי הרופאים והרפואה בגטו שאבלי שבליטא, וחשפה את יומנו רב הערך של ד”ר אהרון פיק השופך אור על סוגיות אתיות טראגיות בגטאות ליטא. לאחר מכן התמקדה עופר בחקר הפעילות הרפואית בגטו ורשה , ספרה “חלוק לבן בגטו, מבט על קורות הרפואה היהודית בשואה ” ראה אור בשנת 2015 [ 595 עמ’]  בהוצאת יד ושם וב -2020 יראה אור באנגלית [654 עמ’] . הספר כולל תיעוד ארכיוני רב בתחום הפעילות הרפואית בגטו הגדול ביותר . עופר מצביעה על כינון מערכות רפואה , על ידי היהודים , וברמה מקצועית וערכית – בכל הגטאות הבינוניים והגדולים , על אף תנאי הג’נוסייד ששררו בגטאות. עופר הקדישה פרק מיוחד לדילמות האתיות הרפואיות. ולניסיון להציג הסבר היסטורי לתופעה ייחודית זו של כינון מערכות רפואה על ידי הקורבנות בכוחות עצמם.

פרסומיה של עופר מתמקדים בסוגיות של ארגון מדע ואתיקה בפעילות הרפואית היהודית ערב השואה, במהלכה ולאחריה. עופר משלבת ראייה מולטי-דיסציפלינרית במחקריה. בין השאר כתבה  בשנה האחרונה  על “רשתות רפואיות” בשואה , בחינת הפעילות היהודית הרפואית כביטוי ל”סולידריות יהודית בשואה”, וכן על “ממד הזמן” כפי שמשתקף בכתבי הרופאים בשואה.

ד”ר עופר שהתה באוניברסיטת ברנדייס כחוקרת אורחת בסמסטר קייץ 2017  במכון הדסה  [ HBI] שם הקדישה את זמנה למחקר אודות פועלן של רופאות ואחיות יהודיות בגטאות בתקופת השואה. עופר משמשת כחברה בוועדה האקדמית המייעצת וכעמיתת מחקר באוניברסיטת ברנדייס, ב HBI.

ד”ר עופר שותפה כיום בעריכת קבצי מחקרים וספרים, ביניהם ספר בנושא “אתגרי הרפואה היהודית במהלך השואה ולאחריה” שמתוכנן  לראות אור בהוצאת יד ושם [ בעריכת דן מכמן, פול ווינדלינג, הרויג צ’ך ומרים עופר] ; ספר בנושא: “העבר בהווה – מחקרים חדשים על רפואה לפני במהלך ואחרי השואה”, בהוצאת ברגהאן [ בעריכת סבין הילדברנדט , מיכאל גרודין ומרים עופר]. כמו כן עופר הינה עורכת אורחת  בשיתוף עם ליסה פישביין יופה , של כתב העת “נשים”  36 [ אביב 2020], שיוקדש לנשים יהודיות במקצועות הרפואה לפני השואה במהלכה ולאחריה . בנוסף , עופר משמשת עורכת אורחת  עם פרופ’ שמואל רייס , של כתב העת “קורות” 26, שנתון לתולדות הרפואה ומדעי הטבע בהוצאת מאגנס, שיוקדש לסוגיות של חינוך רפואי ואתיקה בשואה ולאחריה.

עופר מלמדת במכללה קורסים מגוונים ביניהם : רפואה , נאציזם ושואה; ניתוח תעודות על אירועי ורגעי מפתח בשואה  ופרשנויותיהם;  חיי יומיום בגטאות בעקבות התיעוד , שכנים – יחסי יהודים עם סביבתם הלא יהודית בשואה , ועוד.  ד”ר עופר מלמדת  קורס על תולדות הרפואה בתקופת השואה  גם בפקולטה לרפואה ע”ש סאקלר באוניברסיטת תל אביב.

ד”ר עופר  יוזמת כינוסים ארציים ובינלאומיים בתחום הרפואה בשואה ולאחריה , אחד הכינוסים הגדולים ביותר שנערכו עד כה בתחום זה התקיים בשנת 2017 באקדמית גליל מערבי , והשתתפו בו 100 חוקרים מ 17 מדינות. עופר עמדה בראש כינוס זה בשיתוף עם פרופ’ שמואל רייס. ד”ר עופר  חברה בוועדה המדעית של כנסי  המרכז הרפואי לגליל מערבי בנהריה על הרפואה בשואה בראשות פרופ’ שאול שאשא ונמנית עם חברי הועדה המדעית המייסדת של  פרויקט “עדים בלבן” ביוזמת ההסתדרות הרפואית הישראלית (הר”י)  – נסיעות רופאים לאתרי ההשמדה בעקבות קורות הרפואה בשואה.

בנוסף לפעילותה המחקרית לד”ר עופר ניסיון עשיר בפיתוח תכניות להוראת השואה והנצחתה, במערכת החינוך ובקרב הציבור הרחב. עופר נמנית על מייסדי המכון ללימודי השואה ע”ש חדווה אייבשיץ בחיפה , ועמדה בראשו במשך 5 שנות ההקמה בין 1988 ועד 1993